В 1577 году на месте рождения Цонкапы в тибетской провинции Амдо (ныне провинция Цинхай, КНР) был основан монастырь Кумбум, а полтора века спустя монастырь Лабранг (ныне на территории провинции Ганьсу). Лабранг, где находятся шесть буддистских институтов, и по сей день играет важную роль как образовательный центр Гэлуг.
Ганден, Дрепунг и Сэра стали тремя главными монастырями школы Гэлуг и на протяжении столетий служили оплотом всей линии преемственности традиции Цонгкхапы. В 1959 году в монастыри вторглись китайские войска, а Ганден был практически полностью разбомблен. Однако традиция Гэлуг продолжает динамично развиваться даже после репрессий времён Культурной Революции. Основные монастыри — Сэра, Дрепунг Лосэлинг, Дрепунг Гоманг, Ганден и Трашихлунпо, — а также тантрический колледж Гьюдмэд, были восстановлены в Индии, в различных тибетских поселениях в Карнатаке. Тантрический колледж Гьюдте вновь открылся в Бомдиле, штат Аруначал Прадеш. С начала 80-ых годов на территории Китая также наблюдается активное возрождение тибетских буддийских традиций. Многие монастыри и храмы были восстановлены, переданы религиозным общинам и сейчас вновь ведут активную деятельность.