Орден был основан в Гранаде в 1537 г. св. Иоанном Божьим. В 1571 папа римский Пий V утвердил устав бонифратров, в 1586 г. папа Сикст V придал им статус ордена. В XVII веке орден интенсивно развивался в Испании и Италии. В конце XVII века в Испании ордену принадлежало 138 больниц, в Италии 155.