Орден был основан в 1212 г. св. Кларой Ассизской при храме св. Дамиана в Ассизи. Распространение ордена шло параллельно с развитием ордена францисканцев. В 1230 году монастыри клариссинок были во всех крупных городах Италии, а к 1263 году действовало уже 76 монастырей по всей Европе. В 1253 г. папа Иннокентий IV утвердил составленный св. Кларой устав ордена. В 1263 г. папа Урбан IV принял обновлённый устав, который был принят частью ордена; монахинь, живущих по этому уставу, стали называть урбанианками.
В XIV—XV веках орден был многократно реформирован, в результате реформ образовались два независимых ордена, принявших реформированный устав св. Клары: колеттанки во Франции и францисканки-концепционистки в Испании.
Во время Реформации орден пережил сильное сокращение численности монахинь, однако в XVII веке орден начал бурно развиваться, распространившись в том числе и в Америку. В этот период появилось несколько новых направлений внутри ордена: капуцинки, фарнезианки и эремитки.
Во время Великой французской революции многие монастыри были ликвидированы, но к середине XIX века орден восстановил свои позиции во Франции и остальной Европе.