Лишь во второй половине XVI века в ордене возобладала тенденция к глубокому обновлению. Деятельность Терезы Авильской и Иоанна Креста привела к появлению ответвления кармелитов — босых братьев, которые провозглашали возвращение к изначальным аскетическим иделам кармелитов. Орден босых кармелитов был утверждён в 1593 г.
В конце XVIII века кармелитов, как и большинство других католических орденов, ждали тяжёлые испытания — сначала гонения пришли со стороны абсолютистских монархий, а затем в период Великой Французской революции орден был практически разгромлен во Франции.
В XIX — XX веках оба кармелитских ордена начали постепенно возрождаться. Монастыри кармелитов в настоящее время расположены в большинстве стран Европы и Америки. Кармелиты работают в Белоруссии (четыре духовных центра), на Украине (в Киеве и Бердичеве), а также в России (Усолье-Сибирское, Иркутская область).