Поскольку «Устав св. Бенедикта» не предусматривал централизованных структур, объединяющих монастыри, до XI века монастыри, использующие бенедиктинский устав, были независимыми. В X- XI веке орден претерпел несколько существенных реформ: начали появляться конгрегации монастырей, от бенедиктинцев отпочковались ордена камальдулов и цистерцианцев, была проведена реформа монашеской жизни, т. н. Клюнийская реформа (по названию аббатства Клюни).
В XIII веке возникли новые, бурно развивающиеся ордена доминиканцев и францисканцев, изменилась структура европейского общества, что предопределило начало упадка ордена бенедиктинцев. Еще более усилился этот упадок в ходе Реформации и секуляризации XVIII века. В XIX веке началось возрождение ордена, которое продолжилось и в XX веке. Импульсом для развития ордена в Новое время стала деятельность братьев в области изучения средневековой литературы, музыки и живописи, а также миссионерской деятельности в Африке и Азии. В 1893 г. папа Лев XIII объединил все бенедиктинские монастыри и конгрегации в Бенедиктинскую конфедерацию.