Для обучения мастер может использовать любые методы, но наиболее широко распространены практики дзадзэн (сидячая медитация) и коан (притча-загадка, не имеющая логически обоснованного ответа).
В дзэн преобладает мгновенное, внезапное пробуждение, которое иногда возможно вызвать специфическими приемами. Самый знаменитый из них — коан. Это некий парадокс, абсурдный для обыденного рассудка, который, став объектом созерцания, как бы стимулирует пробуждение.
К коанам - близки диалоги (мондо) и самовопрошание (хуатоу):
Некоторые наставники стимулировали пробуждение внезапным криком на ученика или даже ударом палкой по голове. Но основной практикой оставалась сидячая медитация - дзадзэн.
Наряду с традиционной сидячей медитацией во многих направлениях дзэн практиковали медитацию и при ходьбе, и при работе. А все дзэнские монахи обязательно занимались физическим трудом, что было необходимо при интенсивной психической нагрузке в процессе медитации. Хорошо известна и связь чань с традицией боевых искусств (начиная еще с первого чаньского монастыря - Шао-Линя).
Таким образом, дзэн стал системой тренировки сознания (с помощью медитаций), духа (с помощью повседневной практики) и тела (благодаря занятиям кунг-фу и цигун).