С января 2000-го года Усмонхан Алимов начал осуществлять деятельность в качестве главного представителя Управления мусульман Узбекистана по Самаркандской области.
В августе 2006 года видный ученый Усмонхан Алимов, заслуживший большое уважение и авторитет, и накопивший огромный опыт на пути верослужения, был избран муфтием, председателем Управления мусульман Узбекистана.