Другая важная сфера — экуменическая деятельность. Второй Ватиканский собор дал ей мощный импульс. Одним из пионеров в этой области был о. Августин Беа (впоследствии кардинал).
Общество пришло к необходимости видоизменить свой образ деятельности. В 1965 году была созвана 31-я Генеральная Конгрегация, которая избрала нового Генерала, о. Педро Аррупе и задумалась над некоторым необходимыми изменениями (формация, образ апостольства, функционирование Общества и т. п.)
Через 10 лет о. Педро Аррупе решает собрать 32-ю Генеральную Конгрегацию, чтобы более глубоко задуматься о миссии Общества в сегодняшнем мире. Эта Конгрегация, утвердив в своих декретах первостепенное значение миссии «служения веры», которая была определена 31-ой Конгрегацией, выдвинула и другую задачу — участие Ордена в борьбе за справедливость в мире. И ранее многие члены Общества Иисуса, как бы выходя за привычные пределы своего и без того разностороннего призвания, включались в разные сферы общественной деятельности для установления более справедливого общественного строя и защиты прав человека. Но то, что в прошлом считалось делом отдельных членов, отныне, после официальных декретов Конгрегации, стало церковной миссией Ордена наряду с миссией противостояния атеизму. Поэтому 4-й декрет, принятый этой Конгрегацией, носит название: «Наша миссия сегодня: служение веры и содействие справедливости».
В количественном плане послевоенный период был эпохой стремительного развития. Но в 60-е годы заметно значительное уменьшение числа членов, особенно в странах «первого мира» (максимальное число было достигнуто в 1965 г. — 36.038) Сегодня ситуация несколько стабилизировалась. Надо добавить, что на бывших территориях миссий, в частности, в Азии и в Африке, возникли новые провинции.