Патриарх Варфоломей призвал изгнать мятежных монахов из монастыря Эсфигмену
Конфликт монастыря с патриархом Константинопольским начался в 1965 году, когда братия не одобрила начавшееся сближение Константинопольского патриархата и католической церкви, и в особенности - встречу патриарха Афинагора с римским папой.
В 1974 году братия обвинила патриарха Константинопольского в экуменизме и отказалась упоминать его в богослужениях, а над монастырем было поднято чёрное знамя с надписью "Православие или смерть".
14 декабря 2002 года Патриарх Константинопольский Варфоломей объявил монахов монастыря Эсфигмену схизматиками (раскольниками), что по греческому законодательству означает изгнание с Афона.
После соответствующего решения Верховного суда страны представитель греческого правительства на горе Афон распорядился изгнать монахов из монастыря до 28 января 2003 года. Несколько недель монастырь был оцеплен полицией и оставался без электричества и воды, однако позднее осаду сняли.
В 2005 году Константинопольский патриархат передал право на обладание монастырем вновь созданной канонически признанной общине, и в декабре следующего года произошла массовая драка между братией монастыря и монахами общины, пытавшимися занять его. Дерущиеся использовали ломы и огнетушители, семь человек получили ранения.
В июне 2008 года информагентства сообщали, что к монастырю стягиваются силы полиции.
В настоящее время в монастыре Эсфигмену проживает около 115 монахов - это самая многочисленная братия среди 20 монастырей Афонской горы. На официальном сайте монастыря указано, что монахи-эсфигмениты "ищут лишь мирной жизни и молитв в своем монастыре".